Sekretariát SDSN Česko zajišťuje každodenní chod národní sítě, koordinuje její aktivity a podporuje spolupráci mezi členskými organizacemi i partnery.

Hostitelskou institucí SDSN Česko je Univerzita Karlova. Sekretariát sídlí v Centru pro otázky životního prostředí Univerzity Karlovy.